دفتر معاون ریاست اجرایی دولت افغانستان با انتشار بیانیه‌ای اعلام کرد که برکناری محقق و لغو عضویت وی در شورای امنیت افغانستان حقیقت ندارد.
در این بیانیه آمده است: « اخیرا برخی رسانه‌ها و عناصر ناباب، گزارش‌های منتشر کردند که گویا عضویت معاون ریاست اجرایی در شورای امنیت ملی به تعلیق در آمده است. این خبر حقیقت ندارد و بر اساس غرض‌های شخصی برخی از افراد صورت گرفته است.»
شایعه استعفای محمد محقق پس از سفر او به ترکیه و دیدار با ژنرال دوستم قوت گرفت. در این ارتباط سایت پشتو زبان «خبریال» به نقل از یک منبع در ارگ ریاست جمهوری افغانستان نوشته بود که محقق پس از بازگشت از ترکیه از مقام معاونت ریاست اجرایی دولت افغانستان برکنار خواهد شد.
محمد محقق به عنوان معاون عبدالله عبدالله، از چهره‌های منتقد اشرف غنی رئیس جمهور افغانستان است. وی از فرماندهان جهادی افغانستان به شمار می‌رود که ریاست حزب وحدت اسلامی مردم افغانستان را به عنوان مهمترین و بزرگترین حزب شیعیان هزاره برعهده دارد.
