آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، اقدام حکومت بحرین در سلب تابعیت شیخ عیسی قاسم را «نشانه بلاهت» حاکمان بحرین عنوان کردند.
ایشان با اشاره به اینکه شیخ عیسی قاسم مخالفان حکومت را از «حرکات تند و مسلحانه» منع می‌کرد، اقدام اخیر دولت بحرین را «برداشتن مانع از مقابل جوانان حماسی و پرشور برای انجام هر اقدامی» توصیف کرد.
در همین ارتباط آیت الله خامنه‌ای در توصیف اقدامات و شخصیت شیخ عیسی قاسم افزودند: شیخ عیسی قاسم فردی است که تا وقتی می‌توانست با مردم بحرین حرف بزند، آنها را از حرکات تند و مسلحانه منع می‌کرد اما حاکمان بحرین متوجه نیستند که تعرض به این عالم مجاهد، به معنای برداشتن مانع از مقابل جوانان حماسی و پرشور بحرین برای انجام هر اقدامی در مقابل حکومت است.
پس از اعلام خبر لغو تابعیت شیخ عیسی قاسم، روحانی بلندپایه بحرینی اعتراضات و تحصن چند روزه مخالفان آل خلیفه در مخالفت با این اقدام ادامه داشته است.
دولت بحرین با متهم کردن شیخ عیسی قاسم به «تشویق فرقه‌گرایی و خشونت» در این کشور، از او سلب تابعیت کرده است.
