El Centro de Derechos Humanos Miguel Agustín Pro Juárez, en su informe llamado "Tlatlaya a un año: la orden fue abatir", denunció la responsabilidad militar, ya que este centro tiene en su mano una copia de la Orden de Relevo y Designación de Mando que recibió el teniente involucrado en los hechos.
"Las tropas deberán operar en la noche en forma masiva y en el día reducir la actividad a fin de abatir delincuentes en horas de oscuridad", describe la orden.
La versión presentada por el gobierno fue desmentida en el informe por los testigos de lo sucedido en Tlatlaya.
Los indignados en el caso exigieron que se investigue a toda la cadena de mando del Ejército mexicano hasta llegar al general Salvador Cienfuegos Zepeda, el secretario de la Defensa nacional. También exigen la creación de una nueva comisión indagatoria de especialistas independientes que pueda determinar las ejecuciones extrajudiciales en la masacre.
La matanza de Tlatlaya se sucedió el 30 de junio de 2014. La Secretaría de la Defensa Nacional anunció que el Ejército en un operativo mató a 22 miembros sin ninguna baja militar, empero, luego salió a luz que la mayoría de los delincuentes fueron ejecutados tras haberse rendido.
